本系未來短、中、長期發展目標如下:

一、短期計畫

• 加強基礎課程之教學與研究空間之規劃。
• 推展區域產業之建教合作計劃。
• 結合本校電機系、資工系及光電系所相關專業領域之師資，做實驗設備及課程規劃之整合，避免資源浪費並提高競爭力。

二、中期計畫

• 與產業界合作開發光電半導體材料及元件、積體電路設計及微波通訊相關技術。
• 擴大各項研究計劃研究的參與。
• 積極規劃籌備電子工程系碩士班之申請。

三、長期計畫

• 配合中部科學園區之高度發展，成立光電半導體材料及元件之研發中心。
• 配合國家矽導發展計劃，成立SOC晶片研發中心。
• 參與國家型研究計劃之執行，以提高學術研究水準。